鸡蛋经过阴道部产出后，往往被鸡粪等污染，在蛋的表面已有不少细菌。种蛋污染不仅影响孵化率和雏鸡的品质，还会将疾病传播，因此种蛋要进行消毒处理。
种蛋消毒*好在产蛋后2小时内进行1次消毒，入孵前再消毒1次。常用的消毒方法有：熏蒸、浸泡、喷雾、紫外线等。国内养鸡场种蛋消毒多采用熏蒸消毒。如整批入孵将种蛋置于孵化机内进行消毒；分批入孵种蛋，应把种蛋放在消毒室单独消毒后才入孵。
熏蒸消毒法 熏蒸法是一种简便而有效消毒方法，按熏蒸体积计算，每立方米空间，用高锰酸钾15克，福尔马林（含40%甲醛溶液）30毫升，消毒时先将高锰酸钾用量放在瓷盆中，再把瓷盆放在蛋架下，然后加入福尔马林溶液。密闭熏蒸消毒20—30分钟。熏蒸法消毒时适于在温度25—27摄氏度，相对湿度70%以上，熏蒸效果较好。消毒完毕应立即通风排除剩余的蒸气。应用甲醛熏蒸消毒种蛋要注意：
（1）福尔马林加入高锰酸钾后会产热，*好用陶瓷盆盛药。
（2）加药的顺序是先将高锰酸钾放入瓷盆中，然后再加福尔马林，不能先、后搞错。
（3）消毒产生的蒸气，应避免与皮肤接触，或者吸入体内。
（4）熏蒸消毒要严格控制用药剂量，以及消毒时间，因为对发育中的胚胎有影响。