一、不同品种或不同品系的孵化率不同；
二、近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡；
三、杂交种蛋孵化率高。
另外，在种蛋的选择与孵化的各个阶段还应注意以下几点：
1、种鸡周龄
母鸡初产期的蛋孵化率低；在30周龄~42周龄产的蛋孵化率*高；以后随周龄增长而逐渐下降,约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。
2、母鸡产蛋量
鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高；影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。
3、种鸡营养
日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多；缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高；缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。
4、种鸡管理
鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。
5、健康状况
种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。
种蛋的原因
6、种蛋的品质
裂缝、污秽、畸形、太大、太小的蛋孵化效果不佳。
7、种蛋的保存
短期保存种蛋对孵化率的影响不大，但保存期延长就会导致孵化率不断下降。保存种蛋的温度太低，相对湿度不足，通风不良，翻蛋不当，都影响孵化率。种蛋受冻、受振以及消毒不严，均可造成胚胎早期死亡增多，胚胎发育受阻，孵化率降低。
孵化条件的原因
8、孵化温度
多功能孵化机孵化温度过高过低都会影响胚胎发育，严重时造成胚胎死亡。
9、孵化湿度
多功能孵化机孵化湿度过大过小，都影响蛋内水分代谢，胚胎死亡率高。
10、翻蛋
多功能孵化机孵化中翻蛋不当或完全停止翻蛋，卵黄容易黏附于蛋壳膜上，影响胚胎运动，造成胎位不正，导致胚胎死亡。
11、通风换气
多功能孵化机孵化中通风不良，会出现胎位不正和畸形，胚胎死亡率增高。
12、供电不稳
在供电不稳的地区或多功能孵化机出现故障，使孵化中停电时间过长，造成温度降低和多功能孵化机内温度不均匀，使胚胎发育受阻甚至全部。