企业发展到一定规模后，运营高效与否关系到企业竞争力的强弱。在运营管理上，金正大高度重视内部运营的科学化与现代化，通过不断创新管理工具与管理模式，努力实现效率与效能的同步提升。
　　根据肥料行业的生产运营特点，金正大将运营管理分为专业化的模块进行专业化管理提升，在预算、成本、物流、绩效管理方面进行创新管理，不断提高生产运营的高效率与高效能。
　　预算管理制度是企业运营过程中的管理之基，金正大高度重视预算管理制度在企业运营中的作用。将全面的预算管理与公司的战略规划相结合，通过对预算的分析及时、准确地反映战略规划的实施情况，确保公司经营管理的正常运行及战略的有效执行。经过科学规划与梳理，金正大对企业的价值链组成进行了精心设计，通过对研发成本、制造成本、管理成本、销售成本等进行有效管理，提高价值链上每个环节的效率，为实现既定的利润目标作基础，以保证公司的利润率。
　　成本控制是成本管理的重要手段，也是推动、改善企业经营管理的动力。金正大的成本管理创新主要表现在产品创新、原料采购和生产管理上，通过成本控制以提高产品市场竞争力。
　　在运营管理中，供应链管理是其中的关键一环。金正大致力于整个供应链上物流、信息流和资金流的合理化和优化，与供应链上的企业结成联盟，以应对日趋激烈的市场竞争。在原料采购环节，随着业务合作范围不断扩大，金正大能够及时采购到又相对**的原料，有效地降低了成本。同时，原料供应商主动把原料送到工厂进行代储并会支付一定的仓储费用，按照使用量及时进行结算，这样不但节省了资金，而且有效地规避了原料市场波动带来的风险。
　　生产管控也是成本管理的重要环节。金正大通过技术革新、新产品开发以及生产过程的控制提高了产品的质量，减少了次品率、提高了合格率，有效地控制了成本。通过加大对生产系统的监督和考核管理，对各项指标进行管控并且细化，使得消耗逐步降低；通过技术的革新，提高了产品的质量，这样使得产品成本竞争优势更加突出。
　　随着产品多样化和企业快速发展，物流作为连接生产和销售的纽带，在生产运营中的作用越来越明显。金正大创新物流管控模式，通过物流方式的多样化保证产品的运输和及时销售。金正大成立了计划调度部门，来连接生产、销售、供应和运输，加强计划管理，保证物流运输的顺畅。为了保证旺季销售，金正大和经销商联手在全国重点区域设立了代储仓库，经销商按照预计销售量，先交保证金，然后现款提货。这样能同时解决物流发运和客户的资金问题，保证旺季不会断货，提高了经销商的销售积极性。金正大还成立物流公司，对接营销服务，专门成立运输车队，并在火车站成立办事处，和铁路、物流部门对接，保证正常发运。金正大还与多家物流配送公司签订配货协议，充分发挥地方物流的优势，实行点对点的服务，直接将货放到二级经销商网点，为经销商节省了运输费用。
　　绩效管理能够促进组织和个人绩效的提升，激励员工提高工作积极性。金正大已经建立以责定岗、以岗定薪、以绩定效绩效管理体系，通过目标分析建立共有的价值体系，将公司的战略目标逐级分解并层层落实到员工的年度、月度关键绩效指标考核，做到责任层层传递，激励层层链接，从而达到员工的个人职业规划与公司的战略规划高度统一。
　　事实表明，金正大的科学化运营管理已经对企业发展起到了重要推动作用，使企业发展充满了创新的活力。金正大正以创新的思维持续提升运营能力，向更高目标发起全新的冲刺。