慢，是有机农业的一大特质。禁用化肥，果蔬成熟慢；禁用化学农药，杂草、害虫和病害除得慢；禁喂常规饲料，禽畜生长慢。慢，也导致有机农业产量没有保证。慢，已经成为众多企业如今发展有机农业的一大障碍。
　　在常规农业中，农民只需按照田地的面积，控制好化学农药和化肥的投放量，收成就能有所保证。但有机农业种植不同，农民必须学习管理整个生态系统，用生物技术来控制害虫，用动物粪便给土地供肥，还有间作和轮种等种植方式，目的都是促进作物的生长。
　　有机农业生产还有不少额外支出。多利农庄创始人、总裁张同贵算了一笔账：多利农庄有机种植基地近5000亩，在基地建设上投入了4亿多元。租赁种植基地每亩每年要支付1000元－2000元的土地流转费；拿到土地后，要投入土壤改良的经费和固定资产等，土壤改良3年期间，几乎没有回报；人工除草和有机施肥需要投入较多劳力，通常是种植无公害蔬菜的4倍－5倍。
　　在欧洲、美国、日本，普通蔬菜的平均价格为每公斤4美元－5美元，有机蔬菜的价格为每公斤6美元－7美元，高出30％－50％。在中国，有机蔬菜与普通蔬菜的价格差距更为悬殊，普遍在3倍－5倍。张同贵认为，国内的有机蔬菜价格和国际价格接近，与普通蔬菜的价格悬殊主要是后者价格偏低导致，农民种普通蔬菜赚不到钱。
　　中国的有机农业生产者对产量很看重。为达到与使用化肥同等的效果，有机肥的投入量至少是化肥的5倍，这和国际上主导的定期休耕、恢复地力的逻辑根本上反拧；规模生产也意味着更多的工业化烙印，这与充满田园气息的有机农业生产方式相悖。美国作家迈克尔。波伦就在《杂食者的困境》一书中论断，商业化的有机违反了有机运动的*初理念，有机产业越成功，有机农业也就越向它原先所抵抗的工业系统靠拢。
　　另外，蔬菜、水果的运输损耗很大，有机生产者还会淘汰那些品相不好的蔬果，这些成本都会被转移到商品价格中。
　　中国农业大学有机农业技术研究中心主任杜相革认为，有机产品应该着重提高商品率，收益自然随之上升，产品价格也就有下降空间，只有加工产品占到80％，才能体现有机的价值，才能形成良性市场。
　　事实上，国内有机产品大部分是初级产品。在全国现有的1万余张有机认证证书中，加工类证书仅1000多张。这意味着九成有机产品都是按照初级产品去卖，体现不出价值。由此看出有机农业向有机产品深加工的方向发展空间较大。